Z oblasti revmatologických a kožních onemocnění je přípravek vhodný u systémového a diskoidního lupus erythematodes, zánětlivého onemocnění kloubů (revmatoidní artritidy), chronického zánětu kloubů u mladistvých (chronické juvenilní artritidy) a onemocnění na podkladě zvýšené citlivosti kůže na sluneční světlo (fotodermatóza).
Hydroxychlorochin je dále určen k léčbě a předcházení malárie.